MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018186	CGC	2	6	81	86	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356064
2	NC_018186	GAT	2	6	94	99	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356064
3	NC_018186	CCAAT	2	10	164	173	40 %	20 %	0 %	40 %	398356064
4	NC_018186	GTC	2	6	211	216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356064
5	NC_018186	ACG	2	6	230	235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356064
6	NC_018186	TCG	2	6	251	256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356064
7	NC_018186	ACG	2	6	278	283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356064
8	NC_018186	GAT	2	6	340	345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356064
9	NC_018186	GCCT	2	8	356	363	0 %	25 %	25 %	50 %	398356064
10	NC_018186	AGC	2	6	507	512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356065
11	NC_018186	CGCC	2	8	521	528	0 %	0 %	25 %	75 %	398356065
12	NC_018186	CAA	2	6	761	766	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356066
13	NC_018186	GGA	3	9	794	802	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356066
14	NC_018186	GGC	2	6	808	813	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356066
15	NC_018186	CGGC	2	8	910	917	0 %	0 %	50 %	50 %	398356066
16	NC_018186	TGAT	2	8	960	967	25 %	50 %	25 %	0 %	398356067
17	NC_018186	GTG	2	6	968	973	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356067
18	NC_018186	CAG	2	6	1061	1066	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356067
19	NC_018186	TCG	2	6	1080	1085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356067
20	NC_018186	TAT	2	6	1100	1105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356067
21	NC_018186	CCG	2	6	1131	1136	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356067
22	NC_018186	AGC	2	6	1278	1283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356067
23	NC_018186	TGCT	2	8	1316	1323	0 %	50 %	25 %	25 %	398356067
24	NC_018186	GCA	2	6	2245	2250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356068
25	NC_018186	GGC	2	6	2288	2293	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356068
26	NC_018186	TGCGC	2	10	2320	2329	0 %	20 %	40 %	40 %	398356068
27	NC_018186	CTG	2	6	2401	2406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356068
28	NC_018186	GCA	2	6	2511	2516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356068
29	NC_018186	GCC	2	6	2528	2533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356068
30	NC_018186	CAA	2	6	2545	2550	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356068
31	NC_018186	TTTCC	2	10	2560	2569	0 %	60 %	0 %	40 %	398356068
32	NC_018186	GAA	2	6	2604	2609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356068
33	NC_018186	GGC	2	6	2617	2622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356068
34	NC_018186	ATC	2	6	2646	2651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356068
35	NC_018186	GGA	2	6	2704	2709	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356068
36	NC_018186	AT	3	6	2721	2726	50 %	50 %	0 %	0 %	398356068
37	NC_018186	TGT	2	6	2754	2759	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356068
38	NC_018186	CTT	2	6	2947	2952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356068
39	NC_018186	GCAGCC	2	12	2960	2971	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	398356068
40	NC_018186	CGC	2	6	3409	3414	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356069
41	NC_018186	AT	3	6	3423	3428	50 %	50 %	0 %	0 %	398356069
42	NC_018186	TGA	2	6	3641	3646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356070
43	NC_018186	AAC	2	6	4129	4134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356071
44	NC_018186	TGA	2	6	4136	4141	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356071
45	NC_018186	ACC	2	6	4189	4194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356071
46	NC_018186	GATT	2	8	4206	4213	25 %	50 %	25 %	0 %	398356071
47	NC_018186	CAA	2	6	4221	4226	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356071
48	NC_018186	CGAC	2	8	4388	4395	25 %	0 %	25 %	50 %	398356071
49	NC_018186	CG	3	6	4416	4421	0 %	0 %	50 %	50 %	398356071
50	NC_018186	GAT	2	6	4428	4433	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356071
51	NC_018186	GCAC	2	8	4454	4461	25 %	0 %	25 %	50 %	398356071
52	NC_018186	GGC	2	6	4475	4480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356071
53	NC_018186	CTGC	2	8	4590	4597	0 %	25 %	25 %	50 %	398356071
54	NC_018186	GGC	2	6	4636	4641	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356071
55	NC_018186	AAGG	2	8	4693	4700	50 %	0 %	50 %	0 %	398356071
56	NC_018186	GGT	2	6	4818	4823	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356071
57	NC_018186	AAG	2	6	4873	4878	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356071
58	NC_018186	GCG	2	6	4895	4900	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356071
59	NC_018186	CTT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356071
60	NC_018186	GGT	2	6	5010	5015	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356071
61	NC_018186	AGC	2	6	5044	5049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356071
62	NC_018186	TAC	2	6	5050	5055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356071
63	NC_018186	GGC	2	6	5148	5153	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356071
64	NC_018186	GC	3	6	5167	5172	0 %	0 %	50 %	50 %	398356071
65	NC_018186	GTC	2	6	5313	5318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356071
66	NC_018186	CGA	2	6	5367	5372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356071
67	NC_018186	GTT	2	6	5385	5390	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356071
68	NC_018186	TCT	2	6	5393	5398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356071
69	NC_018186	TGC	2	6	5439	5444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356071
70	NC_018186	CAG	2	6	5509	5514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356071
71	NC_018186	GC	3	6	5563	5568	0 %	0 %	50 %	50 %	398356071
72	NC_018186	CGG	2	6	5651	5656	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356071
73	NC_018186	GTG	2	6	5684	5689	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356071
74	NC_018186	CGG	3	9	5712	5720	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356071
75	NC_018186	ACG	2	6	5741	5746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356071
76	NC_018186	GAC	2	6	5779	5784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356071
77	NC_018186	AAG	2	6	5815	5820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356071
78	NC_018186	G	6	6	5850	5855	0 %	0 %	100 %	0 %	398356071
79	NC_018186	CGG	2	6	5862	5867	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356071
80	NC_018186	CCT	2	6	5975	5980	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356071
81	NC_018186	CGA	2	6	6003	6008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356071
82	NC_018186	GGCG	2	8	6060	6067	0 %	0 %	75 %	25 %	398356071
83	NC_018186	CTT	2	6	6084	6089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356071
84	NC_018186	CG	3	6	6129	6134	0 %	0 %	50 %	50 %	398356071
85	NC_018186	GCC	2	6	6142	6147	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356071
86	NC_018186	CTA	2	6	6174	6179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356071
87	NC_018186	GCC	4	12	6205	6216	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356071
88	NC_018186	CGCC	2	8	6231	6238	0 %	0 %	25 %	75 %	398356071
89	NC_018186	ATA	2	6	6281	6286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356071
90	NC_018186	AGTG	2	8	6287	6294	25 %	25 %	50 %	0 %	398356071

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.